每个人心中都有一片海，需要自己去航行和探索。一退役庸兵，再度奉召，远赴南太平洋的小岛，说服该地岛民授权该岛矿产的开采权；由于该地岛民的纯朴与善良，使得＂杜夫朗格＂与其伙伴改变初衷，而决定留下保卫此岛的居民；因而引爆一场与恶势力阴谋的对抗...

2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过神秘传送门入侵，将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，找到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米明快基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了拯救世界的行动...