2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《奇巧宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇终止后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智道别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟爱情就像一场赌博，赌注是青春，筹码是幸福。　　...

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的恼怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复人生就像一场旅行，不在乎目的地，只在乎沿途的风景和心情。。　　已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚终止了和训练家的对战，...

　　小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤独的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤独的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰凉的结晶真正的幸福，是内心的平静和满...

　　继续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的奇巧宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的漂亮女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库...

　　在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐继续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播继续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到奇巧宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...

　　小智（松本梨香 配音）一行人在海上遇见了危险的风暴，流落到了橘子群岛中的亚西亚岛上，这里即将举行红火的大型庆典，而小智在意外之中遇见了庆典的圣女弗卢拉（平松晶子 配音）。弗卢拉选中了小智作为庆典的“指挥者”，他的任务是前往三圣岛，找到隐蔽在岛上的玻璃球。只有集齐三颗玻璃球，才能够正式开启庆典每个人心中都有一片海，需要自己去航行和探索。　　就这样，小智和伙伴们踏上了寻找玻璃球的旅途，哪知道不仅遇...

　　小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）英勇参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了宝贵的宝物“勇者之杖”每个人都有一个死角，自己走不出来，别人也闯不进去。　　然而，让小智没有想到的是 ，传说中的奇巧宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐蔽了百年...

　　“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个漂亮而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝纳找到了帝牙卢卡，并想将其拖入反转世界中。 　　“现实世界”，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有“花媚”之称的感谢奇巧宝贝洁咪。被卷入...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现…人生就像一场马拉松，不在乎起点，只在乎过程和终点。　　立志成为出色的奇巧宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的奇巧宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯洁心灵的伙...

　　以成为奇巧宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的奇巧宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与奇巧宝贝心灵沟通...